商丘站位于豫、鲁、苏、皖四省结合部的商丘市梁园区李庄乡(北纬34°31′13″,东经115°35′30″),邻近312国道,距商丘市12公里,徐州市140公里,菏泽市85公里。站区所在地属半干旱、亚湿润暖温带季风气候,夏季炎热、冬季寒冷、春季温暖、秋季凉爽,四季分明。多年平均降水量为708毫米,年蒸发量为1735毫米,年平均气温13.9℃,≥0℃积温在4723℃以上,无霜期在206天左右。全年可照时数4430.8小时,实照时数2508.8小时,日照率为55%。太阳总辐射量达4823兆焦/平方米/年。站区海拔高度在50.2米,地貌具有典型的黄河泛滥区特征,微地形稍有起伏,而大地貌相对平坦,并自西北向东南有1/5000 - 1/7000的坡降。地下水位埋深变幅在6-12米之间。土壤类型主要为黄河沉积物发育的潮土,并伴有部分盐土、碱土、沙土和沼泽土的交错分布。植被主要为次生的乔灌草植物以及沼泽和水生植物等。